Dáta a softvér / pripravovaný program

MetaBarcoding

Pripravovaný nástroj pre spracovanie metabarcodingových dát — od kontroly sekvencií po zrozumiteľný taxonomický prehľad vzorky.

Ako bude fungovaťVo vývoji

SEQUENCE → TAXONOMY

Program

Od sekvencie k biologickému kontextu.

Táto samostatná časť webu bude vstupným bodom k aplikácii, dokumentácii a zdrojovému kódu. Po pripojení repozitára tu pribudne priame spustenie programu a technický návod.

Sekvenačné dátaPríprava vstupov z metabarcodingových experimentov na jednotné spracovanie.

Kontrola kvalityPrehľad kvality, filtrovanie a kontrola dát pred taxonomickou analýzou.

Taxonomická interpretáciaPriradenie sekvencií k taxónom a zostavenie profilu analyzovanej vzorky.

VýstupZrozumiteľný prehľad výsledkov pripravený na odbornú interpretáciu a export.

Navrhovaný workflow

Štyri kroky analýzy.

Rozhranie bude viesť používateľa od vstupných súborov cez kontrolu a porovnanie až po výsledný taxonomický profil.

Vstup dát

Nahratie sekvenačných súborov a základných informácií o vzorkách.

Kvalita a filtrovanie

Kontrola čítaní, odstránenie nevhodných záznamov a príprava dát na porovnanie.

Taxonomické priradenie

Porovnanie sekvencií s referenčnými dátami a identifikácia zastúpených taxónov.

Profil a report

Vizualizácia zloženia vzorky, súhrn výsledkov a export pre ďalšiu analýzu.

Prepojenie programu

Repozitár pripojíme v ďalšom kroku.

Stránka je pripravená na prepojenie s GitHub repozitárom, dokumentáciou a verejnou adresou aplikácie. Po dodaní repozitára sem doplníme tlačidlá na zdrojový kód a spustenie programu.

GitHubČaká na pripojenierepository / application URL