Pripravovaný nástroj pre spracovanie metabarcodingových dát — od kontroly sekvencií po zrozumiteľný taxonomický prehľad vzorky.
Táto samostatná časť webu je vstupným bodom k funkčnému prototypu, analytickému workflow a zdrojovému kódu. Prototyp môžete spustiť priamo v závere stránky.
Analýza prebieha lokálne v prehliadači a nahrané sekvenačné dáta sa neodosielajú na server. Aktuálna verzia v0.4 spracúva Nanopore FASTQ alebo FASTQ.gz a používa validačný profil MT-CYB L15601/H15748.
Prototyp overí štruktúru FASTQ, platnosť sekvencií a zhodu dĺžky sekvencie s kvalitami. Zároveň vypočíta počet čítaní, priemernú dĺžku a priemernú Phred kvalitu.
Na vzorke najviac 1 000 čítaní hľadá podporovaný primerový pár v oboch orientáciách. Pri profile MT-CYB toleruje drobné chyby v primeri a extrahuje insert s dĺžkou 125–175 bp. Ak marker nerozpozná, taxonomickú identifikáciu nevytvorí.
Čítania s nájdeným párom primerov sa skrátia na insert, identické inserty sa spočítajú a jedinečné varianty sa zoradia podľa početnosti.
Najpočetnejších 250 variantov sa najprv predvyberie pomocou 7-mer podobnosti a potom presne porovná s najbližšími záznamami kurátorovaného referenčného panelu. Výsledok zohľadňuje percento identity aj odstup od druhej najlepšej zhody.
Zostávajúce varianty sa dopĺňajú konzervatívnym 7-mer indexom. Nejednoznačné zhody ostávajú v kategórii ambiguous; prijaté doplnenia sa označia ako low-confidence a ich reprezentant sa opätovne overí presným porovnaním.
Priradené čítania sa zoskupia podľa taxónu a prepočítajú na podiely. Prototyp označí možnú zmes, ak aspoň dva taxóny dosiahnu 5 % priradených čítaní, a pripraví prehľad aj exporty JSON, CSV a FASTA.
Výsledok platí iba v rozsahu použitého referenčného panelu. Verzia v0.4 zatiaľ nezahŕňa negatívne kontroly ani produkčný filter chimér a NUMT. Dominantný konsenzus možno nezávisle overiť v NCBI BLAST nt.
Funkčný webový prototyp spracúva ukážkové Nanopore metabarcoding FASTQ dáta a predstavuje pripravovaný analytický workflow. Prototyp je dostupný samostatne cez GitHub Pages.